Изучение ДНК-белковых взаимодействий в интасомах ВИЧ-1 и ПСВ

Целью настоящей работы является сравнение структуры интасомы (комплекс ДНК с интегразой) одного из наиболее опасных ретровирусов – ВИЧ-1 со структурой интасомы ПСВ. Получение новых данных о структуре интасомы ВИЧ-1 будет востребовано при создании новых ингибиторов ВИЧ-1. Для решения этой задачи был предложен новый подход, основанный на окислительной деструкции сближенных с ДНК участков изучаемых белков. Добиться этого можно путем присоединения реакционноспособных групп к тем положениям ДНК-субстратов, которые взаимодействуют (или сближены) с аминокислотными остатками белков. Для данной работы был выбран ATCUN-пептид (Gly-Gly-His), который встречается в некоторых видах сывороточного альбумина и способен связывать и транспортировать ионы Cu(II) и Ni(II). Для сравнения интасом ВИЧ-1 и ПСВ было решено провести направленное расщепление белков с использованием субстратов, модифицированных ATCUN-пептидом. Данный пептид координирует ион Cu(II), который под действием перекиси водорода и аскорбиновой генерирует кислородные радикалы, как предполагается, осуществляющие окислительную деструкцию сближенных остатков белка.